Texto publicado por SUEÑOS;

Biología.

Nueva generación de navegador visual del epigenoma.

ChroGPS es un software para facilitar el análisis y la comprensión de los
datos epigenéticos y extraer información inteligible, que se puede descargar
gratuitamente en Bioconductor, un repositorio de referencia de software
biocomputacional. Los investigadores del Instituto de Investigación
Biomédica (IRB Barcelona) describen los usos del programa en la revista
Nucleic Acids Research, donde explican que ChroGPS es una respuesta a un
problema que se arrastra desde hace una década.

En los últimos 15 años, investigadores de todo el mundo han ido generando
una gran cantidad de información sobre el epigenoma: proteínas, factores y
marcas epigenéticas que unidas al DNA regulan la expresión de los genes.
Proyectos multitudinarios como el ENCODE (para humanos y ratones) o el
modENCODE (para otros sistemas modelo de laboratorio, como la mosca
Drosophila o el gusano C.Elegans) se han dedicado a recoger estos datos para
analizarlos e interpretarlos en conjunto con los datos genómicos y extraer
hipótesis de funciones y relaciones.

A pesar de estos y otros esfuerzos, se requieren todavía herramientas que
permitan extraer información funcional y relacional del epigenoma y
presenten los resultados de una manera tan visual como ChroGPS.

“Con ChroGPS hemos querido integrar los datos epigenéticos con los genéticos
para sacarles todo el jugo, que hay mucho, y poder comprender la información
que contienen. A día de hoy, los análisis son extremadamente complejos y los
resultados para interpretar los datos muy opacos”, dice Ferran Azorín, jefe
del laboratorio de Estructura y Función de la Cromatina en el IRB y profesor
de investigación del CSIC, estudioso de la regulación epigenómica.

ChroGPS permite visualizar asociaciones funcionales entre elementos
epigenéticos. (Foto: IRB Barcelona)

“Con nuestra herramienta hemos llegado a las mismas conclusiones que las
presentadas en Nature por los investigadores del modENCODE, pero con la
enorme diferencia que en vez de ver la información representada en
centenares de gráficos y figuras que generó modENCODE, lo hemos conseguido
con un único mapa”, señala Azorín.

La iniciativa surge del diálogo entre el grupo de Azorín, a través del
estudiante de doctorado, Joan Font-Burgada, y el bioinformático Òscar Reina
del equipo de la Plataforma de Bioestadística y Bioinformática del IRB,
liderada por David Rossell en ese momento.

“ChroGPS se basa en la aplicación secuencial de dos pasos: primero, la
generación de distancias (o grados de similitud) entre elementos
epigenéticos basándonos en varias métricas posibles que hemos desarrollado,
y después, en la representación de estas distancias en forma de mapas bi- o
tridimensionales para facilitar su interpretación. Como son, por ejemplo,
los mapas visuales que se pueden derivar de esas tablas de distancias por
quilómetros entre ciudades”, describe Òscar Reina, uno de los
desarrolladores.

“Lo más importante para nosotros en esta primera etapa ha sido presentar
información biológica de forma sencilla, pero a su vez fiable desde un punto
de vista de tratamiento de datos, por ejemplo corrigiendo desviaciones
sistemáticas entre experimentos que pueden inducir a conclusiones erróneas”,
añade Rossell, hoy en la Universidad de Warwick, en el Reino Unido.

Ahora que el programa ya está disponible como código abierto para toda la
comunidad, los investigadores se plantean nuevos retos con ChroGPS. Ferran
Azorín tiene entre los objetivos seguir un proceso complejo de
transformación de célula normal en cancerosa a través de los cambios
genéticos y epigenéticos que presenta. Para encarar este proyecto con
ChroGPS, deberán dar nuevo pasos en metodología estadística y matemática.
(Fuente: IRB Barcelona)